アライアンス（航空連合）は、ATOのバージョン1.9.0から導入された新要素です。
アライアンスは1965年1月から利用可能になります。ランキングの会社価値を基準として上位20位以内の航空会社のみがアライアンスを設立することができます。アライアンスはマスター会員社（設立者）を含めて4社以上が集まった時点で正式に発足します。一つのアライアンスに加盟できる航空会社の最大数は12社で、設立者は他社からの加盟申請を承認できます。新たにアライアンスを設立する場合には30クレジット、加盟するためには20クレジットが各々かかります。なお、ランキングで上位のユーザー同士が集まったアライアンスが出来て寡占状態になるのを防ぐため、上位10位以内の航空会社はアライアンスの設立のみ可能で、他のアライアンスに加盟することは制限されています。マスター会員社（アライアンスの設立者）が途中でチャンネルを出てゲームをやめた場合は、その次の順位の加盟メンバーに、マスター会員社の資格が自動的に移譲されます。
有益な点[]
- マイレージプログラム: 旅客路線の乗客数が自動的に1%から12%程度増加します。
- 競合路線において搭乗率が増加します。
- コードシェア（共同運航）便: スロット、オフィス、カウンターの取得の必要なしに、加盟会社間でコードシェア便を設定することが出来ます。
- 5年間は加盟メンバー間で競合する同一路線を開設することはできません（設定による）。
- アライアンスの設立者は、その後の5年間も加盟メンバー間で競合する同一路線を開設することを禁じることが出来ます（設定による）。
不利な点[]
- 会員費: 加盟各社の収益金のうち2%がアライアンス会員費として支出されます。
- 利益の分配: 集まった会員費のうち1%が自分よりもランキングが下位の加盟メンバーに配分されます。
- 5年間は加盟メンバー間で競合する同一路線を開設することはできません（設定による）。
- アライアンスの設立者は、その後の5年間も加盟メンバー間で競合する同一路線を開設することを禁じることが出来ます（設定による）。
コードシェア[]
〈この節の加筆が求められています〉